中国热科院公布芒果精致基因组图谱，展现芒果进化和驯化机制

克日，中国热带农业科学院品资所团结中科院微生物所等十家机构，绘制了芒果精致基因组图谱，并在基因组水平上展现了芒果物种进化机制和栽培品种驯化历史。相关研究结果以The genome evolution and domestication of tropical fruit mango为题于克日揭晓在Genome Biology上。

芒果是世界上第五大果树作物，也是第二大热带果树作物。芒果种质资源富厚，然而现代育种实践中使用的芒果资源有限。恒久以来，育种家主要依赖实生选种、杂交育种等方式开展芒果育种事情，育种周期长、限制较多。剖析基因组，将为芒果种质资源研究和芒果分子设计育种打开一个全新的窗口。

2014年，中国热带农业科学院品资所陈业渊、王鹏团队团结胡松年团队，启动了芒果基因组剖析项目。经由近五年的努力，圆满地完成了项目计划，获得了巨细为393M的芒果精致基因组图谱，评估效果讲明，ContigN50到达了3.5M。将组装序列锚定到20条染色体，锚定率到达了90.1%，Scaffold N50到达了17.6M。通过BUSCO对完整性举行评估，讲明芒果基因组完整性到达了95.9%。

该研究共注释获得了41251个芒果卵白编码基因。Ks分析效果讲明，芒果祖先于3300万年前四周发生了全基因组复制事件，而复制后的双拷贝基因中，与光互助用、光呼吸和脂质代谢相关的基因被选择性保留了下来，这些基因可能为该时期芒果应对大气中二氧化碳浓度急剧降低和气候变冷提供了适应性优势。在众多扩张的基因家族中，一个突出的例子是查尔酮合成酶基因，该基因的扩张主要原因是串联复制和全基因组复制；部门基因在差别颜色的芒果果皮中均体现为高表达，这可能与漆酚合成相关。漆酚是芒果等漆树科物种中特有物质，该物质能引起人体强烈的致敏反映。该发现将为阐明漆酚合成的分子机制提供基础。

该研究还对48个芒果品种和4个同为芒果属的近缘物种举行了重测序。进一步分析讲明，芒果传统品种分为印度和东南亚两大类群，而多数商业品种泛起了等位基因混杂。PCA分析、系统发育分析和STRUCTURE分析均讲明，存在于中国南部和东南亚国家的芒果农家品种，在东南亚类群中形成了奇特的亚类群；有意思的是，海南等部门区域的农家种资源也泛起了和商业品种类似的等位基因混杂。

陈业渊、胡松年、王鹏为配合通讯作者，王鹏、骆迎峰、黄建峰、高胜寒为配合第一作者，来自11个单元的共29名科研人员到场了该研究。该研究主要获得了中央级公益性科研院所基本科研业务费和国家科技资源服务平台项目的支持。

中国生物技术网诚邀生物领域科学家在我们的平台上，揭晓和先容海内外原创的科研结果。

本民众号由中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心承办